Храм святого мученика Трифона в Напрудном, по преданию, был построен боярином Трифоном Патрикеевым в конце XV века.
Святой мученик Трифон родился в начале III века близ города Апамеи во Фригийской области. Помогая родителям, он с малых лет проводил свое время на пастбище, где приучил себя к молитвенному подвигу. Окрестные жители знали Трифона как чудесного исцелителя, изгоняющего бесов и врачующего недуги. Святому было всего 17 лет, когда он, с помощью Божией, изгнал беса из дочери императора Гордиана и, по просьбе правителя, сумел видимым образом показать ему диавола, в виде черного пса с огненными глазами, голова которого влачилась по земле. Свидетели этого зрелища были поражены страхом и, оставив языческое нечестие, обратились ко Христу.
По смерти Гордиана, во время гонения императора Декия, в 250 году, за исповедание Истинного Бога святой Трифон был подвергнут жестоким мучениям и усечен мечом.
На Руси святой мученик Трифон издавна пользовался особой любовью. Существует предание, что во время царской охоты улетел любимый царем сокол. Царь приказал сокольнику Трифону Патрикееву найти улетевшую птицу, угрожая в противном случае смертной казнью. Сокольник Трифон объехал все окрестные места, но безуспешно. На третий день, утомленный долгими поисками, он уснул в лесу, усердно помолившись перед сном своему святому покровителю — мученику Трифону. Во сне он увидел юношу на белом коне, державшего в руке царского сокола, и этот юноша произнес: «Возьми пропавшую птицу, поезжай с Богом к царю и ни о чем не печалься». Проснувшись, сокольник действительно увидел неподалеку сидящего на дереве сокола.
В память о своем чудесном спасении Трифон Патрикеев построил храм, главной святыней которого была икона святого мученика Трифона. К этому времени относится появление московского варианта изображения мученика Трифона в виде юноши на белом коне с птицей в руках. Некоторое время святой мученик Трифон считался покровителем Москвы, но позже уступил эту честь великомученику Георгию Победоносцу. В икону мученика Трифона вделаны драгоценные ковчежцы с частицами его святых мощей.
Святыня прибыла в начале XIX века из Черногории. Московский купец Трифон Добряков предложил изготовить на свои средства серебряный ковчег для главы святого мученика, почивающей в соборе города Котора. Предложение было с благодарностью принято. Вот что написал в ответ черногорский митрополит Петр Негош:
«Возлюбленное о Христе чадо Трифон Семенович мир тебе и благословение от Бога да будет!
Господин Архимандрит Стефан Вукотич по возвращении своем из России в Черную Гору представил мне Ваше усерднейшее и ласковое с ним обхождение, которое Вы по Вашему врожденному человеколюбию ему оказывали. Я сердечно радуюсь, что благодать Божия таковым Вас одарила странноприимства даром, и что в душу Вашу природа влияла таковые таланты, коими Вы прославляетесь и в сих отдаленнейших местах, все художники дают честь и преимущество Вашему искусству, которое состоит в высокой работе; но добродетели Ваши, сопряженные с чистосердечием и набожностью, усугубляют еще число дней Ваших. А как удостоверился я от помянутого нашего Архимандрита, что Вы непреложное имеете ревностное желание известным быть о Богохранимой и чудесной Патрона Вашего Святого Мученика Трифона главе, она содержится и хранится в нашем городе Которе в Катедральной Соборной церкви в храме в честь его имени, и что Вы, по усердию Вашему от Богоданного имени усердствуете приложить в честь и славу тому Святому Мученику Трифону, нарочито хорошей и искусной Вашей работы футляр, где бы могла святая его Глава пребывать, таковые Ваши благословенные труды и усердные мысли видеть совершенным делом, на что и посылаю Вам три частицы с мученической Главы.»
Во время Отечественной войны 1812 года Трифон Добряков передал эту святыню в дар императору Александру I, твердо уповая, что святой мученик поможет в разгроме врага. После победы, в 1819 году, император Александр приказал передать мощи в храм мученика Трифона, где они и были вставлены в образ святого мученика.
Испокон веков в Трифоновский храм шли и шли люди со своими заботами и печалями, в твердой надежде, что мученик Трифон поможет им. И он помогал. А храм рос. В XIX веке это был уже огромный пятиглавый храм, который мог вместить одновременно 3,5 тысячи человек! И все равно случалось так, что все молящиеся не могли войти под своды храма и оставались во дворе. Кроме главного, Трифоновского придела, в храме были устроены приделы в честь святителя и чудотворца Николая (впервые упоминается в 1792 г.) и в честь святого праведного Филарета Милостивого (освящен 23 июля 1861 г. святителем Филаретом Московским). В 1889—1892 годах сооружена колокольня, а с 1894 г. строились новая трапезная и приделы по проекту известного архитектора П. П. Зыкова.
В феврале 1925 года, незадолго до своей кончины, Литургию в храме служил Святейший Патриарх Тихон.
Храм был закрыт в начале 1930‑х годов, на три четверти взорван в 1932 году. Сохранилась только наиболее древняя часть храма, относящаяся в концу XV века. Фреска со стены поступила в 1934 году в Третьяковскую галерею. Чудотворный образ мученика Трифона был перенесен в Знаменский храм. И народная молва сразу же переименовала Знаменский храм в Трифоновский. В Знаменский храм был перенесен также и храмовой образ Филарета Милостивого.
В 1947—1948 годах церковь была отреставрирована архитектором Л. А. Давидом, что сохранило ее от полного разрушения.
В начале 1990-х годов Трифоновский храм принадлежал больнице МОНИКИ. В нем находился хозяйственный склад. Отец Феодор получил благословение священноначалия на присоединение этого старинного храма в качестве приписного. Администрация больницы резко возражала против передачи храма Церкви. Однако, Господь устроил так, что руководство больницы сменилось, и новое начальство не стало чинить препятствий, а передало храм с прилегающей территорией Знаменскому приходу. «Согласительный документ» с директором МОНИКИ был подписан 19 августа 1991 года, в праздник Преображения Господня. Возрождение древнего Трифоновского храма началось в год его 500-летия — в 1992 году. 28 сентября 1992 года торжественный крестный ход вышел из ворот Знаменского храма, пересек проспект Мира, прошел по Трифоновской улице до Трифоновского храма. Малое освящение храма совершил архимандрит Иона (Карпухин), в то время благочинный Северного округа, ныне Архиепископ Астраханский. 3 октября 1992 года в храме была совершена первая Божественная Литургия и начались регулярные богослужения по субботам и воскресеньям. Однако из-за отсутствия отопления они прекращались на зимнее время.
В 2000 году торжественно отмечалось 1750-летие со дня преставления святого мученика Трифона. К этой дате в храм было проведено отопление, территория была огорожена забором и благоустроена, была построена звонница. Теперь храм был открыт круглый год. На Светлой седмице 2000-го юбилейного года впервые за многие годы из дверей Трифоновского храма вышел крестный ход.
7 января 2001 года в храме мученика Трифона впервые после его закрытия состоялась торжественная Рождественская Литургия и Литургия в день престольного праздника — 14 февраля.
19 января 2002 года в храме святого мученика Трифона впервые совершалась Божественная Литургия в день Богоявления.
16 марта 2002 года возле храма святого мученика Трифона отмечены резными столбами места разрушенных престолов — во имя святителя Николая и святого праведного Филарета Милостивого. Молебен с освящением этих столбов совершил настоятель храма протоиерей Феодор.
В Трифоновском храме хранятся чтимые святыни: крест с частицей Животворящего Креста Господня, частицы мощей многих угодников Божиих. Значительную часть этих святынь передал храму протоиерей Михаил Нейгум († 2001), который любил молиться в храме мученика Трифона в последние годы своей жизни.
Рядом с Трифоновским храмом построен церковный домик. На храмовой территории проводятся многолюдные детские праздники, посвященные Рождеству Христову и Пасхе, на которые собираются дети с родителями. Приглашают на эти праздники детей-сирот и детей-инвалидов.
Храм мученика Трифона в Напрудном